dipende da cosa fai.
Quando il pc si avvia, viene avviato il boot manager "installato" nell'MBR del disco di sistema.
Siccome windows non ha un boot manager che supporti linux, suppongo che il tuo pc abbia come boot manager il grub di ubuntu oppure LiLo.
In tal caso, solo formattando windows, non perdi il boot manager di linux.
Tuttavia, nel momento in cui reinstalli windows, quello sovrascrive in automatico il MBR con il boot loader predefinito di windows (mica gli interessa se avevi altri sistemi operativi?!).
Quindi, dopo l'installazione di windows, devi avviare ubuntu dal live-cd e reinstallare grub sul disco di sistema.
Se, invece, cancelli ubuntu, perdi il grub, e quindi non puoi avviare nemmeno windows. Per ripristinare la situazione devi avviare il computer dal dvd di windows, accedere alla console di emergenza ed eseguire i comandi fixboot e fixmbr.